3 biến thể và các tuyến lây nhiễm được xác định thông qua phân tích 160 bộ gen SARS-CoV-2 gây ra COVID-19 trên khắp toàn cầu

Trong một công bố mới nhất trên Tạp chí danh tiếng PNAS khi phân tích 160 bộ gen của virus SARS-CoV-2 ở các bệnh nhân COVID-19 từ khắp nơi trên thế giới, các nhà khoa học đã phát hiện ba biến thể khác nhau của virus (loại A, B và C) và các tuyến lây nhiễm của các biến thể này. Các loại A và C được tìm thấy có tỷ lệ cao tương ứng ở Mỹ và Châu Âu. Ngược lại, loại B xuất hiện phổ biến nhất ở Đông Á và bộ gen tổ tiên của nó dường như không lan ra ngoài Đông Á nếu không bị đột biến thành các nhóm khác có nguồn gốc từ loại B. Điều này thể hiện hiệu ứng kẻ sáng lập hoặc hiện tượng kháng miễn dịch hay kháng môi trường nhằm chống lại loại này ở bên ngoài châu Á.

Tiến sĩ Forster, một nhà di truyền học tại Đại học Cambridge, và các đồng nghiệp đã sử dụng dữ liệu từ bộ gen virus SARS-CoV-2 được lấy mẫu từ khắp nơi trên thế giới trong khoảng thời gian từ ngày 24 tháng 12 năm 2019 đến ngày 4 tháng 3 năm 2020. Các tác giả của nghiên cứu này cho biết có rất nhiều đột biến xảy ra nhanh chóng, gọn gàng trong cây phát sinh chủng loại của các hệ gen SARS-CoV-2. Nhóm tác giả đã sử dụng thuật toán mạng di truyền để xây dựng cây phát sinh chủng loại. Các kỹ thuật này hầu hết được biết đến để lập bản đồ các biến đổi di truyền của quần thể người tiền sử thông qua trình tự DNA. Đây là lần đầu tiên chúng được sử dụng để theo dõi các con đường lây nhiễm của một loại vi rút corona như SARS-CoV-2.

Kết quả nghiên cứu đã phát hiện có ba biến thể khác nhau của virus, mỗi loại bao gồm các nhóm chủng có liên quan chặt chẽ với nhau. Biến thể loại A có quan hệ gần nhất với chủng vi rút được phát hiện ở loài dơi, là nhóm chủng có mặt ở Vũ Hán từ ban đầu, nhưng đáng ngạc nhiên là loại A không phải là loại virus chiếm ưu thế của thành phố này.

Mạng lưới phát sinh chủng loại của 160 bộ gen SARS-CoV-2. A là nhóm virus gốc BatCoVRaTG13 từ loài dơi ( Rhinolophus affinis) ở tỉnh Vân Nam, Trung Quốc. Diện tích vòng tròn tỷ lệ thuận với số lượng loài và mỗi nốt trên các liên kết đại diện cho một vị trí nucleotide đột biến. Ảnh: Forster et al, doi: 10.1073 / pnas.2004999117.

Các phiên bản đột biến của loại A đã được tìm thấy ở những người Mỹ từng sống ở Vũ Hán và một tỷ lệ lớn virus loại A được tìm thấy ở các bệnh nhân đến từ Mỹ và Úc.

Loại B là nhóm virus chính của Vũ Hán, có mặt phổ biến ở những bệnh nhân từ khắp các nước Đông Á. Tuy nhiên, biến thể loại này đã không đi xa hơn bên ngoài khu vực nếu không bị đột biến thành loại khác. Điều này ngụ ý nguồn phát sinh virus là từ Vũ Hán hoặc có sự đề kháng bởi hệ miễn dịch hoặc môi trường chống lại loại này ở bên ngoài Đông Á.

Biến thể loại C là loại chính của châu Âu, được tìm thấy ở những bệnh nhân sớm từ Pháp, Ý, Thụy Điển và Anh. Nó không có trong mẫu nghiên cứu ở Trung Quốc đại lục, nhưng được thấy ở Singapore, Hồng Kông và Hàn Quốc.

Phân tích mới cũng cho thấy rằng một trong những lần lây nhiễm virus sớm nhất vào Ý là thông qua ca nhiễm đầu tiên được ghi nhận ở Đức vào ngày 27 tháng 1, và một con đường lây nhiễm sớm khác của Ý có liên quan đến các chủng virus từ Singapore.

Điều quan trọng là các kỹ thuật phân tích mạng di truyền của nhóm tác giả đã vạch ra chính xác các tuyến lây nhiễm được thiết lập trước đây. Thực tế là các đột biến và dòng virus đã kết nối thành công các dấu chấm của các trường hợp đã biết.

Do đó, các nhà khoa học cho rằng các phương pháp phân tích phát sinh chủng loại này có thể được áp dụng cho phân tích trình tự bộ gen của các virus corona mới nhất để giúp dự đoán các điểm nóng trong tương lai về con đường truyền bệnh và phát sinh đột biến.

Phân tích mạng di truyền có khả năng giúp xác định các nguồn lây nhiễm COVID-19 chưa được chứng thực, sau đó có thể được kiểm dịch để ngăn chặn sự lây lan của căn bệnh này trên toàn thế giới.

Các biến thể A, liên quan chặt chẽ nhất với virus được tìm thấy ở cả dơi và tê tê, hiện vẫn đang được các nhà khoa học mô tả là gốc rễ của sự bùng phát đại dịch.

Loại B có nguồn gốc từ A, cách nhau bởi hai đột biến, sau đó đến lượt loại C được phát sinh từ loại B.

Các tuyến lây nhiễm của 3 biến chủng A, B và C trên khắp thế giới. Video+Ảnh: dailymail.co.uk.

Các tác giả cho biết, sở dĩ biến thể B chỉ có mặt ở Đông Á có thể là kết quả của hiệu ứng kẻ sáng lập: hiện tượng “thắt cổ chai” di truyền đã xảy ra khi trong trường hợp các chủng virus này mới được tạo thành từ một nhóm nhỏ nhưng bị cách ly trong thành phố.

Tiến sĩ Forster còn cho biết có thể có một lời giải thích khác đáng để xem xét, đó là virus loại B Vũ Hán có thể thích nghi về mặt miễn dịch hoặc môi trường với một bộ phận lớn dân số Đông Á. Có thể chúng cần phải đột biến để vượt qua sự kháng cự bên ngoài Đông Á. Chúng ta dường như thấy tốc độ đột biến ở Đông Á chậm hơn các nơi khác, trong giai đoạn ban đầu này.

Viet’s Post

Tài liệu gốc: Peter Forster et al. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. PNAS, published online April 8, 2020; doi: 10.1073/pnas.2004999117

Tags: , , , , , , , ,

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.

%d bloggers like this: